日本「江戶時代」(1603～1868)的政府---「德川幕府」，實行「鎖國」政策，禁止與荷蘭、中國以外的其他國家交流。不過1854年，陸續和美、英、俄等國締結友好條約，函館便成為對外開放的港町。1858年締結貿易條約，隔年成為貿易港。

德川幕府派遣「箱館奉行」至函館，「箱館奉行」為在函館負責對外交涉、海岸防衛或市街行政等單位之高官。「箱館奉行」計劃在離港口或市區有點距離的內陸建設要塞，以作為保護政府機關的建築物。因此，任命在有關歐洲學問和技術的機關專研的教授---「武田斐三郎」，設計此要塞。他研究近代歐洲的「城郭都市」，並設計了有利以槍和大砲展開戰爭的要塞。建設工程大約花了７年的歲月，星形要塞於1864年大致完成，其要塞被稱為「五稜郭」。五稜郭這個日本北方的政治、外交、防衛中心因此誕生了。

因政權持續260年以上的德川幕府，逐漸喪失權力，因此出現與德川幕府對立的勢力，他們結合在一起想一舉推翻德川幕府。1867年，雖幕府已放棄政權，不過隔年京都發生「戊辰戰爭」，戰爭隨後擴及日本各地。德川與其同盟軍，陸續為反德川軍打敗。
德川海軍的副司令官---榎本武揚，率領約3,000人的德川軍和同盟軍兵士，乘著軍艦來到函館。他們在「五稜郭」設置了本部，準備以德川和同盟軍開拓日本北方的土地(北海道)，為此他們希望可以得到日本新政府---明治政府的批准。不過明治政府，在1869年派遣大軍攻擊德川軍，這個戰役稱為「箱館戰爭」。包括土方歲三等許多人都在這個從1868年開始的戰役中陣亡，最後，德川軍潰敗。因此也結束了日本最後一場國內戰爭，開啟了日本嶄新的時代。

德川幕府所建的五稜郭，成為終結日本封建制度之地。之後，五稜郭於1914年被規劃為市民公園，是個開放的休憩空間。1952年被指定為日本特別史跡，成為由德川幕府過渡到明治政府的時代歷史遺產。